После слома Првог српског устанка Главаш је био један од ретких српских војвода и вођа који није отишао из Србије; остао је да с народом дели судбину и пркоси Османлијама. Као и кнез Милош, предао се Турцима „и своје рухо и оружје носио”. Турци га, чак, поставе да чува Цариградски друм од разбојника, „али се ипак склањао од њих; јер нити су они њега волели, нити је он њих могао равнодушно да гледа”. Највише се кретао око свог Кованлука у Водицама, по Кошарњи и Вишевцу, где је за побратима имао знаменитог хајдучког харамбашу Борћица.
Као и за већину ствари у вези Станоја Главаша, о разлозима за убиство постоје две верзије.
Прва верзија
каже да се крајем 1814. године Станоје Главаш тајно састао с Милошем у Смедеревској Паланци где су разговарали и договарали се око дизања Другог српског устанка. Намера књаза Милоша била је да се он постави на чело устаника, док Станоје никог другог осим Карађорђа није признавао за вођу. То га је коштало живота. Од својих ухода Милош је сазнао да ће Станоје бити кум на свадби у породици данашњих Митровића, у селу Баничани, на дан црквеног празника Сретења 15. фебруара 1815. године.
Вест је дојавио Сулејман-паши Скопљаку који је, не часећи послао 40 заптија. Успели су и поред одлучног отпора свадбара, да ухвате Станоја. Видећи да је издан, Главаш је, након што је оборио једног заптију из кубуре, дохватио сабљу и викнуо: „Бог нека плати издајнику, а ви, браћо, не бојте се и не заборавите да сте Срби и хришћани!” Станоје је убрзо пао покошен куршумима.
Друга верзија
Већ у јесен 1814. године избије у Трнави сукоб измећу Срба и момака Латиф-аге те Хаџи Продан почне купити војску да удари на Турке, али га ови разбију и пошто Главаш није успео да ухвати Продана, него му је чак помогао да преће Саву и оде у Срем, Скопљак-паша нареди да се Станоје ухвати и погуби.
Не прође дуго те се Главаш нађе у Баничини на некој свадби, а Турци Арнаути са Карауле то сазнају и пође их четрдесетак неби ли како убили Станоја. За то сазнају неки Живан из Селевца и Борћиц, код кога су у Вишевцу били, па ударе пречицом и стигну код Главаша пре потере. Ту га почну призивати да се склоне али се овај не одлучи да иде у шуму, већ сва тројица оду у Станојеву колибу. Ту их потера сустигне, опколи и позове на предају. Они то одбију и настане пушкарање. Борћиц, знатно млађи и окретнији, почне наговарати Главаша да употребе одважност и лукавство и јуришем се пробију кроз Турке. Он викне Главашу да скине чизме како би лакше побегли. Али Главаш, како је по природи био тром и уз то прилично поднапит, чизме је час свлачио час облачио, не желећи да их остави Турцима. За то време Борћиц и Живан су се пушкарали и кад видеше да је враг однео шалу још жешће навале на Станоја да беже и отворе врата, излете напоље и уз узвике „бежте Турци да не изгинете”, дадоше се у трк. Станоје због клампавих чизама мало изостаде , а Живан и Борћиц замакну у шуму. Тада Турци плотуном зажде на ону страну где се топот Главашевих чизама чуо и једно га зрно ;.погоди и грдно обрани”. Бранио се ту још подуго и седморицу Турака сравнио са земљом, али су га на крају ипак савладали.
Главу су му одсекли и однели Сулејман-паши у Београд. Београдски везир наредио је да се Станојева глава набије на гвоздени колац и постави на највишу тачку Калемегданске тврђаве. Пре тога јој је уклоњена доња вилица и језик уз циничне пашине речи: „Доста је ова глава лајала против Турака, више неће моћи!”
Затим је нестала, да би се касније појавила сахрањена са телом.
Мештани су обезглављено тело сахранили под једним храстом, где је Станоје волео да одмара и ту настане „Главашево гробље”, где још постоји камени белег.
Постоје две верзије приче о томе како је глава доспела до гроба:
Прва верзија каже да је главу кришом ноћу скинула његова полусестра Марија из Дубоне.
Друга верзија каже да је Станојева удовица Мара затражила његову главу, а Сулејман-паша Скопљак јој је поручио: „Мени је Станојева глава златна. Донеси ми онолико дуката да њима могу војводину главу напунити до врха, па је носи!” Станојеву главу из Београда донела је његова полусестра Стана, прва жена хајдук Вељкова. Глава је откупљена Станојевим дукатима закопаним у близини његовог пчелињака (кованлука). Где је закопан ћуп са дукатима знала је Мара, предала је Стани дукате а остатак даривала сину Милану.
Видећи да је Станојева глава откупљена златом, кнез Милош се дао у потрагу за благом не верујући Мари да га више нема, као и да су златни крст и звоно нетрагом нестали. Баничански округ прекопаван је више пута, пуних седам година, у потрази за ћуповима дуката и скупоценим реликвијама, али без резултата. Књаз Милош, да би се искупио за то што је урадио, седамнаест година издржавао је удовицу Мару, док је није натерао да се уда за Милосава Лаповца, оберкнеза смедеревског.